Präsident Rodrigo Duterte hat Mitgliedern verschiedener Rebell*innengruppen Amnestie gewährt für Verbrechen, die sie aufgrund ihrer politischen Überzeugungen begangen haben. Die betreffenden Rebell*innengruppen sind die Moro Islamic Liberation Front (MILF), die Moro National Liberation Front (MNLF), Rebolusyonaryong Partido ng Manggagawa–Pilipinas/Revolutionary Proletarian Army/Alex Boncayao Brigade Tabara Paduano Group (RPMP-RPA-ABB) und ehemalige Mitglieder der kommunistischen Rebellengruppe. Die Amnestie gilt nicht für Verstöße gegen die Genfer Konvention und solche Verbrechen, die von den Vereinten Nationen von Amnestie ausgenommen wurden, so wie Genozid, Folter, Verbrechen gegen die Menschheit und andere schwerwiegende Verletzungen der Menschenrechte.
Auch hat Duterte Verfahren zugestimmt, die die Verteilung von Land an ehemalige Rebell*innen beschleunigen sollen. Laut der Regierung ist dies ein Schlüsselelement der Bemühungen der Regierung für Frieden und Entwicklung.
Ausgenommen von der Amnestie sind die Kommunistische Partei der Philippinen und ihr bewaffneter Flügel, die New People’s Army (CPP-NPA).