Am 19. Juni 2024 kündigte Sara Duterte überraschend ihren Rücktritt als Bildungsministerin und als Vizevorsitzende der nationalen Taskforce zur Beendigung des lokalen kommunistischen bewaffneten Konflikts (National Task Force to End Local Communist Armed Conflict/NTF-ELCAC) auf einer Pressekonferenz an. „Mein Rücktritt erfolgt nicht aus Schwäche, sondern aus meiner echten Sorge um die Lehrer und die philippinische Jugend“, sagte Duterte. Konkrete Gründe für diese Entscheidung gab Duterte nicht an. Im September 2023 lehnte das Repräsentant:innenhaus Dutertes umstrittenen Antrag auf vertrauliche Gelder für das Bildungsministerium („Confidential Funds“) in Höhe von 150 Millionen Pesos ab.
Laut dem politischen Analysten Ronald Llamas, konnte sich Vizepräsidentin Sara Duterte wegen der zunehmenden Distanz zwischen der Duterte-Familie und Präsident Marcos nicht mehr länger im Kabinett halten. Llamas argumentierte, dass Duterte nicht auf den Rücktrittsaufruf ihres Bruders gegenüber Marcos Jr. Stellung bezogen hätte und betonte den Widerspruch in ihrer politischen Positionierung: Obwohl sie an Anti-Marcos-Kundgebungen , war sie gleichzeitig Mitglied seiner Regierung. Duterte selbst gab zu, dass das Wahlbündnis mit Marcos lediglich eine Wahlkampfstrategie war und keine echte Allianz darstellte. Ihr Rücktritt sei ein strategischer Schritt, um ihre politische Basis zu konsolidieren, besonders vor dem Hintergrund der des Internationalen Strafgerichtshofs (IStGH).
Am 23. Juni 2024 erklärte Duterte in einem Interview mit GMA News, dass sie jedoch nicht beabsichtige, als Vizepräsidentin zurückzutreten. Präsident Marcos Jr. hat bisher noch keine:n Nachfolger:in für den Posten ernannt. Zudem räumte Marcos Jr. ein, dass er Schwierigkeiten habe, eine geeignete Person als Nachfolger:in zu finden. Angesichts Dutertes Rücktritt aus dem Kabinett des Präsidenten, gab es unter ihren Unterstützer:innen bereits Spekulationen, dass sie eine Führungsrolle in der Opposition einnehmen könnte.
Einige Tage später nach Dutertes Rücktritt verkündete sie, dass sowohl ihr Vater Rodrigo Duterte wie auch ihre beiden Brüder bei den kommenden Senatswahlen kandidieren werden. Im Rahmen einer Pressekonferenz in Tacloban City am 2. Juni 2024 riet Ex-Präsident Rodrigo Duterte seiner Tochter davon ab, sich um das Präsident:innenamt zu bewerben und meinte, sie sollte dieses Amt denjenigen überlassen, die „ehrgeizig“ sind.
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